Es difícil diagnosticar la fiebre amarilla, sobre todo las en fases iniciales, porque sus síntomas pueden confundirse con los de otras enfermedades comunes, como el paludismo, el dengue, la leptospirosis o la enfermedad por el virus de Zika, y también con los de algunas intoxicaciones. Los médicos u otros clínicos que atiendan a un paciente pueden no saber si tiene fiebre amarilla basándose únicamente en los síntomas, sobre todo cuando en la zona también son frecuentes muchas de las enfermedades antes mencionadas.
Para confirmar la sospecha de fiebre amarilla son necesarias pruebas de laboratorio. Los análisis de sangre pueden detectar anticuerpos contra el virus, que demuestran que la persona se ha infectado o ha sido vacunada. También se utilizan otras técnicas para identificar el virus en muestras de sangre o en el tejido hepático obtenido después de la muerte. Estas pruebas requieren personal de laboratorio muy capacitado y equipos y materiales especializados.
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